我公司申请了一个专利，为实用新型，所有技术资料都由一个员工管理。这个员工前段时间辞职，并在公司专利基础上做了个小改动，重新申请了专利。等公司知道这事的时候，专利异议公示期已过。

请问：

1、这员工申请的专利是否无效？

2、公司怎么申请他的专利无效，需要什么程序？

3、如果起诉对方，最终后果一般会怎样？